Am Besten betritt man das Münster über das Hauptportal im Westen. An der rückwärtigen Wand befindet sich die Figur der gekrönten Maria im Sternengewand. Die um 1290 in Burgund geschaffene Skulptur gilt als eines der bedeutendsten Kunstwerke des Münsters.

Das Dach des Langhauses wird von insgesamt 14 Pfeilern getragen. Auf Podesten an den Bündelsäulen stehen die Statuen von Jesus und seinen 13 Jüngern. Die Zahl 13 verwundert. Der Verräter Judas wurde durch den nachträglich ernannten Apostel Matthias ersetzt. Als weitere Figur kommt Paulus hinzu, der sich selbst als Apostel sah.

Als einzigartig gelten die mittelalterlichen Glasmalereien aus dem 13. bis 16. Jh. Die Fenster waren Stiftungen der Handwerkszünfte, der Bergleute aus den Silbergruben, von reichen Bürgern und von der Universität. Ein Fenster im südlichen Seitenschiff zeigt in grausamen Darstellungen das Leiden und Sterben der Märtyrer. Daneben befinden sich das Fenster des Stifterehepaars Tulenhaupt und das Schusterfenster. Im nördlichen Seitenschiff gibt es Fenster der Küfer, Bäcker, Schmiede und Schneider. Zum Teil finden sich in den Glasfenstern originelle Interpretationen christlicher Geschichte. So hat im Schmiedefenster der Hl. Eligius, Schutzpatron der Schmiede, einem Schimmel das rechte Vorderbein abgenommen, um es so bequemer beschlagen zu können. Ein anderes Motiv zeigt die Geburt Jesu’. Ochs und Esel fressen die Windeln des Säuglings und heben ihn damit förmlich in die Höhe.

Sehr schön ist die Gottesmutter auf der Mondsichel am südwestlichen Vierungspfeiler. An der Ostwand des südlichen Seitenschiffes steht seit kurzem der geschnitzte Dreikönigsaltar des Straßburger Holzschnitzers Hans Wydyz aus dem Jahr 1505.

Das monumentale Wandgemälde am Triumphbogen schuf im 19. Jh. der Maler Ludwig Seitz. Es zeigt die Krönung Mariens in Anwesenheit des Markgrafen Bernhard von Baden, des Bischof Konrad von Konstanz und der Stadtpatrone Freiburgs Lambert und Alexander.

Der Chor wurde erst Anfang des 16. Jh.s vollendet, nachdem das übrige Münster bereits fertiggestellt worden war. Dadurch wirkt der Chor im Gegensatz zum eher dunklen Schiff überraschend hell. Das Sonnenlicht fällt durch elf große Fenster, die nur zum Teil bemalt sind.

Kernstück im Chor ist der von Hans Baldung Grien geschaffene Hochaltar. In geöffnetem Zustand ist in der Mitte die Krönung Mariens zu sehen. Auf den Flügeln rechts und links werden die Apostel dargestellt. Bei geschlossenen Flügeln werden Szenen aus dem Leben der Gottesmutter gezeigt, darunter die Geburt Jesu’.

Im Chorumgang hinter dem Hochaltar befinden sich sechs im Halbkreis angeordnete Kapellen. In der Stürzelkapelle steht ein sehr schöner barocker Taufstein des Freiburger Bildhauers Christian Wentzinger. Hans Holbein d.J. schuf das Altarblatt in der Universitätskapelle. Ebenfalls sehenswert sind der Schnewlinaltar von Hans Baldung, das Schnitzwerk: „Die Heilige Familie auf der Flucht nach Ägypten“ in einer der Kaiserkapellen und der Schnitzaltar mit der Schutzmantelmadonna. Über dem Zelebrationsaltar hängt das romanische Böcklin-Triumphkreuz, eine Gold- und Silberschmiedearbeit aus dem 12. Jh.

Während der Wintermonate ist der Zugang zum Chor gesperrt.

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