El futbolista Paolo Guerrero le entabló un juicio por difamación,​ ya que en noviembre de 2007 la revista de la conductora y en su programa de televisión se mostraron fotografías en las que el deportista se encontraba con su pareja saliendo de un restaurante en Miraflores y se afirmó que estas fueron tomadas el día anterior al partido Perú-Brasil; sin embargo, la defensa de Guerrero afirmaba que tales imágenes fueron tomadas dos días antes del partido. El 16 de octubre de 2008, Medina fue condenada a 5 meses de pena privativa de la libertad junto a su productor Ney Guerrero tras perder el caso que la conductora mantenía con el futbolista Paolo Guerrero.

El 16 de octubre de 2008, dentro del proceso judicial entablado por el futbolista profesional peruano Paolo Guerrero, se dio lectura a la sentencia de primera instancia, según la cual, Magaly Medina fue hallada responsable de la comisión del delito de difamación en agravio del referido deportista. Fue condenada a pena privativa de la libertad efectiva de cinco meses, que los cumplió parcialmente en las celdas del penal de Santa Mónica, del distrito limeño de Chorrillos. Su abogado ha presentado apelación e interpuso un Habeas Corpus por la violación del derecho al debido proceso, el cual el día 30 de octubre del mismo año fue desestimado.​

Por otro lado, su productor y expareja, Ney Guerrero, pasó tres meses en el penal San Jorge, condenado en el mismo proceso por el mismo delito.

El 31 de diciembre de 2008 recuperan su libertad, por el acuerdo del III juzgado para reos en cárcel, condenándola a libertad condicional por dos años. La Corte Suprema de Justicia la condenó al pago de 200 mil nuevos soles a Paolo Guerrero y también al pago de más de 67 mil soles al Estado

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