Trecho após terminar a descida da Serra do Mar São Vicente, após terminar a descida da Serra, uma linha vai no sentido de São Vicente, onde se encontra com a ferrovia de Santos a Cajati, esta linha de São Vicente passando por Praia Grande,Itanhaém, Registro e Cajati está desativada, só é utilizado o trecho entre Santos e São Vicente pelo VLT a outra linha vai para Cubatão onde se encontra com a EFSJ e segue para o Porto de Santos!
