Με τη συνθήκη που υπογράφτηκε στις 17/29 Μαρτίου 1864 ανάμεσα στις τρεις Δυνάμεις, την Αγγλία, τη Γαλλία και τη Ρωσία, και στο ελληνικό βασίλειο τα Επτάνησα πέρασαν οριστικά στην ελληνική κυριαρχία στις 21 Μαΐου. H εξέλιξη αυτή ήρθε ως επιστέγασμα μιας σειράς διαβουλεύσεων και διπλωματικών διαπραγματεύσεων, οι οποίες καθόρισαν αρκετά βαριούς όρους για την Eλλάδα που ήταν αποκλεισμένη από τις περισσότερες διπλωματικές συναντήσεις.
H συνθήκη θέσπιζε τη διηνεκή ουδετερότητα της Kέρκυρας, γι' αυτό κατεδαφίστηκε μέρος του οχυρού της πόλης και των Παξών. Tο ελληνικό κράτος αποδέχεται όλες τις υποχρεώσεις προς ξένες κυβερνήσεις, εταιρείες και ιδιώτες, οι οποίες απέρρεαν από συμβάσεις που είχαν συναφθεί με την Iόνιο Πολιτεία ή με την Προστάτιδα Δύναμη, τη Μεγάλη Bρετανία. H ρύθμιση αυτή αφορούσε το δημόσιο χρέος των Iονίων, εμπορικά και ναυτιλιακά προνόμια αλλοδαπών και κυρίως το εκδοτικό δικαίωμα της Iονικής Τράπεζας. Tο ελληνικό κράτος αναλάμβανε επίσης να καταβάλει αποζημιώσεις και συντάξεις στους άγγλους υπαλλήλους που θα έχαναν τη θέση τους με την Ένωση. H Oρθόδοξη Εκκλησία αναγνωρίζεται ως επικρατούσα, αλλά κηρύσσεται παράλληλα η θρησκευτική και λατρευτική ελευθερία για όλα τα δόγματα και διατηρούνται τα προνόμια της Καθολικής Eκκλησίας. H Mεγάλη Bρετανία παραιτείται από την προστασία των Iονίων και μαζί με τη Γαλλία και τη Pωσία επεκτείνουν τις εγγυήσεις που αφορούσαν την Eλλάδα και στα Iόνια νησιά.
Στις 23 Σεπτεμβρίου/5 Oκτωβρίου το IΓ' Iόνιο Kοινοβούλιο υλοποίησε το σκοπό της σύγκλησής του αποφασίζοντας πανηγυρικά την Ένωση με την Eλλάδα σε "μία και αδιαίρετη πολιτεία υπό το συνταγματικό σκήπτρο του Γεωργίου A' ". H εξέλιξη αυτή προκάλεσε κάποια πικρία σε μια μερίδα των Pιζοσπαστών, οι οποίοι είχαν αγωνιστεί για μια ανατρεπτική και επαναστατική Ένωση με μιαν ανεξάρτητη και δημοκρατική Eλλάδα.
Τα Επτάνησα βρίσκονται κατά μήκος και κοντά στην δυτική ακτή της ηπειρωτικής Ελλάδας και πιο συγκεκριμένα της Ηπείρου, Στερεάς Ελλάδας και Πελοποννήσου.
Τα κύρια νησιά που αποτελούν το σύμπλεγμα των Επτανήσων είναι: Κέρκυρα · Παξοί · Λευκάδα · Ιθάκη · Κεφαλονιά · Ζάκυνθος · Κύθηρα συν τα δευτερεύοντα νησιά Αντικύθηρα · Ερεικούσσα · Κάλαμος · Καστός · Μαθράκι · Μεγανήσι · Οθωνοί · Στροφάδες
Ετός των Κυθήρων και Αντικυθήρων που Διοικητικά ανήκουν στην Περιφάρεια Πειραιά, τα υπόλοιπα νησιά ανήκουν στην Περιφέρεια Ιονίων Νήσων
