Zákaz shromažďování během nouzového stavu se vztahuje i na bohoslužby v kostelích. Věřící jsou tak odkázáni na online přenosy mší svatých a společných modliteb prostřednictvím televize nebo internetu. samotné kostely ale tak úplně prázdné nejsou. Kněží slouží mše svaté i bez přítomnosti věřících. V kostele sv. Václava v Hustopečích je děkan Jan Nekuda dokonce každý den.
