בגין גדל בבית ציוני. בילדותו התחנך ב"חדר" ובבית-הספר הדתי "תחכמוני". אביו זאב היה מזכיר קהילת ברסט-ליטובסק. הוריו ורוב בני משפחתו נספו בשואה.
הטראומה של שואת יהודי אירופה השפיעה השפעה עמוקה על השקפת עולמו של בגין. הוא האמין בכל לבו כי הלקח מן השואה הוא שהעם היהודי חייב להגן עצמו בארצו, כדי למנוע סכנה מחודשת לקיומו. לדבריו, את ההחלטה על הפצצת הכור האטומי בעירק בשנת 1981, קיבל, כראש ממשלת ישראל, בשל הצורך להגן על מדינת ישראל משואה שנייה.
יחיעם ויץ קובע כי מנחם בגין ראה עצמו כניצול שואה, למרות שלמעשה לא היה כזה, וכי לחוויה זו היתה השפעה מכרעת על זהותו ועל עולמו הפנימי.
בהודעת מפקדת האצ"ל ממאי 1946 נכתב -- "או מדינה -- או מאידנק". חוקי הספר הלבן הושוו לחוקי נירנברג והובלת ספינות המעפילים לקפריסין הושוותה להובלה של היהודים מוורשה לטרבלינקה. חלוקת המולדת כבר כונתה "שואה" עוד טרם התבצעה.
בספרו "המרד" כתב: "הרוגי השואה לא הפכו לעפר במותם אלא לפני שהיו אבק בחייהם".
