Khi trở về Anh ngài biết mình sẽ chết. Vì ngài từ chối không miễn tội cho các giám mục được vua sủng ái, vua Henry đã tức giận kêu lên, "Không có ai đưa tên giáo sĩ rắc rối này khuất mắt ta hay sao!" Bốn hiệp sĩ đã thể hiện lời nguyện ước của vua, và đã hạ sát Đức tổng giám mục Thomas ngay dưới chân bàn thờ trong lúc ngài đang dâng lễ ngày 29 tháng 12 năm 1170. Ngài được chôn cất trong vương cung thánh đường Canterbury.
