No início do século XXI, dois grupos militar conhecida como "O Exército Regular" e "A Luta" (rebelião) estão em guerra. O exército regular é um governo militar usado para diversas tarefas, tais como a manutenção da paz e combater o terrorismo. A rebelião é um grupo de pessoas que sonham em mudar o mundo sob um governo controlado por militares.
Metal Slug é definido em 2028. A história se passa no início da era do terrorismo contemporâneo. Facções militares disputavam o poder: primeiro, um movimento chamado a rebelião, o exército regular do outro. O último é bem equipados e treinados para ser soldados de várias partes do globo. A rebelião é organizado por pequenas células espalhadas, constituído por soldados treinados e terroristas, que têm o único propósito de alcançar o poder.
O exército regular é considerada uma formidável força militar. No entanto, é carente de eficiência devido à propagação da corrupção dentro da sede. Os oficiais superiores, muitas vezes se recusam relações e não aceitar os conselhos de seus agentes do Serviço Secreto. Isto leva a falhas que levam a consequências trágicas.
O Vice-Almirante Morden do Corpo de Fuzileiros Navais é um dos protagonistas da história. Parte do Exército regular tem a reputação de funcionário duro, eficiente e solidária, bem como desfrutar de alta relação entre suas tropas. Morden, no entanto, seu filho é morto pelo exército regular por causa de um bombardeio no Central Park e junta-se a rebelião, a auto-proclamada Geral.
Em 2026, após um ano a partir da fracassada tentativa de assassinato ao presidente dos Estados Unidos da América, feito pelos rebeldes lideradas pelo General Morden, a rebelião começou um ataque maciço contra as tropas regulares do Exército em todo o mundo. Apesar das orientações dadas por agentes de inteligência, a fim de frustrar a ação terrorista, os funcionários mais uma vez ignorou todos os avisos. Rebelião pode então tomar os soldados do exército regular de surpresa e conseguiu atingir a meta usando uma tecnologia de próxima geração.
O exército regular, então decidiu desenhar um protótipo avançado do tanque, chamado de "Super Vehicle-001". Esta arma é produzido em série para lançar um contra-ataque desesperado, mas os carros são roubados pelos rebeldes em 2028 por causa de mais um fracasso da inteligência.
Soldados do Exército estão em pânico depois, com a exceção do tenente Jane Doe, um membro do Esquadão Falcão Peregrino (PF Squad) que, ajudado pelos sobreviventes dos mesmos Marco Rossi e Tarma Roving começa um ataque desesperado para recuperar os reservatórios.
Depois de várias campanhas de, o exército regular é finalmente capaz de derrotar as forças da rebelião e restaurar o poder. General Morden será capturado no final do conflito e colocar em uma prisão de segurança máxima militar, aguardando julgamento por crimes de guerra.
Os soldados do Esquadão Falcão Peregrino (PF Squad), são saudados como heróis, Marco e Tarma são atribuídas muitas medalhas. Os Oficiais do exército regular ao invés disso são desacreditadas por causa de sua incapacidade de evitar um conflito facilmente evitáveis.
