Nuo XVII a. vidurio žinomas Joniškėlio dvaras, priklausęs Karpiams ir kaimas. 1684 m. pastatyta pirmoji medinė bažnyčia. Miestelis pradėjo kurtis XVII a. pabaigoje -- XVIII a. pradžioje. 1736 m. karalius Augustas III suteikė turgų ir 3 metinių prekymečių privilegiją. Ignotas Karpis (1780--1808 m.) testamente įrašė, kad dalis dvaro pajamų būtų skiriama ligoninei ir mokyklai išlaikyti, o jo dvarų valstiečiai paleidžiami iš baudžiavos.
