Protein simulation using Gromacs (solvation model)

PDB ID: [ Ссылка ]
CHARMM Forecefield: [ Ссылка ]
CHARMMGUI: [ Ссылка ]

GROMACS Tutorial: [ Ссылка ]

MDP files:
ions.mdp : [ Ссылка ]
minim.mdp: [ Ссылка ]
nvt.mdp: [ Ссылка ]
npt.mdp: [ Ссылка ]
md.mdp: [ Ссылка ]

Commands:
gmx pdb2gmx -f step1_pdbreader.pdb -o protein_processed.gro -water spce
gmx editconf -f protein_processed.gro -o protein_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
gmx solvate -cp protein_newbox.gro -cs spc216.gro -o proein_solv.gro -p topol.top
gmx grompp -f ions.mdp -c protein_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
gmx genion -s ions.tpr -o protein_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
gmx grompp -f minim.mdp -c protein_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
gmx mdrun -v -deffnm em
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
gmx mdrun -deffnm nvt
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr
gmx mdrun -v -deffnm npt
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md


Github for MD simulation:
[ Ссылка ]

GROMACS Manual: [ Ссылка ]

#molecular dynamics
#bioinformatics
#computational biology
#biophysics
#mdsimulation
#Unix
#charmm
#forcefield

свернуть