Banyak sekali perbedaan-perbedaan dalam penulisan Al Qur'an Cetakan Madinah dan Cetakan Indonesia. Di antara alasan penetapan tersebut adalah dalam rangka memudahkan masyarakat Indonesia yang memang bukan orang Arab untuk mengucapkan lafadz dan ayat Al-Qur’an yang notabene menggunakan Bahasa Arab.
Alasan untuk memudahkan masyarakat Indonesia dalam membaca Al-Qur’an seperti dijelaskan sebelumnya bukan sekadar diperkirakan atau diduga semata-mata, tapi dikukuhkan berdasarkan riset yang dilakukan peneliti LPMQ tahun 2013. Dalam penelitian tersebut terungkap, bahwa kecenderungan masyarakat dalam menggunakan mushaf standar Indonesia diantaranya adalah karena faktor kemudahan dalam membacanya. Kemudahan yang dimaksud dalam hal ini adalah kemudahan membaca sesuai dengan kaidah tajwid, seperti ketika terjadi bacaan idgam, ikhfa, iqlab, bacaan panjang, dan beberapa kaidah bacaan tajwid lainnya.
Di Mushaf Madinah, ketika terjadi beberapa hukum bacaan tajwid pada ayat Al-Qur’an tidak ada tanda yang membantu bagaimana membaca dan membunyikannya. Sebagai contoh, pada lafdzul jalalah (lafadz Allah), Mushaf Madinah tidak mencantumkan fathah berdiri (fathah qaimah) pada lam yang memang harus dibaca panjang (dua harokat), sementara di mushaf standar Indoensia, lam pada lafadz Allah dibuat fathah berdiri agar dibaca panjang dua harakat. Tanda tersebut diberikan agar masyarakat Indonesia jangan sampai salah dalam memunyikan lafadz Allah. Orang Arab barangkali tidak perlu karena mereka sudah terbiasa membunyikan lafdz tersebut dengan lam yang dibaca panjang. Demikian halnya dengan hukum bacaan idgam, ikhfa, dan beberapa bacaan tajwid lainnya.
