برای استفادهٔ تحقیقی از علوم و راه‌یابی به معانی قرآن‌کریم، فرد افزون بر توان انس و صفای باطن، باید بر پیش‌فرض‌های علمی لازم آگاهی و در آن تبحر داشته باشد تا در هنگام استفاده از قرآن مجید به بی‌راهه نرود، بنابراین آیات هر دانشی را باید به متخصص در همان دانش سپرد. تحقیق بر هر آیه از قرآن‌کریم و آیات مربوط به هر دانشی اعم از فیزیک، شیمی، جامعه‌شناسی، روان‌شناسی، بهداشت، نقاشی، آفرینش آدمی، موسیقی و دیگر دانش‌ها را باید به کارشناسان خبرهٔ آن ارجاع دهند هرچند متخصص آن مسلمان نباشد؛ اما او باید با این وجود، قرآن‌کریم را به عنوان متنی علمی، باور و با آن انس داشته باشد. این دانشمندان باید بتوانند با آیهٔ مورد تحقیق انس بگیرند و با آن زندگی کنند و آن آیه را با تمام حواس خود حس نمایند تا باطن آن آیات نیز برای آنان کشف شود.
برای نمونه برای شناخت حیوانات یا گیاهان باید به سراغ قرآن‌کریم آمد. اگر کسی آهنگ گیاه‌شناسی دارد، باید مطالعهٔ خود را نخست از گیاهانی آغاز نماید که قرآن‌کریم از آن نام برده است؛ چرا که قرآن‌کریم کتاب راهنماست و چگونگی آن را نشان می‌دهد. هم‌چنین انسان‌شناسی را باید نخست از قرآن‌کریم به دست آورد، چون از تولید مثل تا ازدواج، تربیت و دیگر مباحث انسان‌شناسی در قرآن‌کریم موجود است. اگر کسی نیز در جست‌وجوی حق‌تعالی است، باید باز از قرآن‌کریم که کتاب راهنماست شروع نماید.
من به سبب انس متمادی با آیات قرآن‌کریم، بار معانی آیات قرآن‌کریم در دانش‌های گوناگون و خواص آن را بررسی کرده و به آن آگاهم. تمامی این‌ها نیز کشف‌شده از قرآن‌کریم است. من در کلاس‌های درس، گاهی به این موضوع اشاره کرده‌ام که اگر امکاناتی داشتم، شهری قرآنی تأسیس می‌کردم و یک به یک آیات قرآن‌کریم را به خوبی تبیین می‌نمودم. این ایده، بخش سومی هم دارد که مربوط به مسایل فراروان‌شناسی، تغذیه، بهداشت و طب و امور غریبه و طلسمات و ارتباط با جن و ملائکه است. من این توان را دارم که روان‌شناسی هرچیزی را از آیات قرآن‌کریم کشف و استخراج کنم. بیش‌ترین کاری که من بر قرآن‌کریم کرده‌ام، استخراج بحث‌های روان‌شناسی و جامعه‌شناسی این کتاب وحی است. نوشته‌های جامعه‌شناسی و روان‌شناسی‌ای که در این زمینه دارم ـ که سبک روان‌شناسی مداراگرا نامیده می‌شود ـ حتی در اروپا و در دنیای غرب نمونه ندارد و نمی‌توانید کسی را پیدا کنید که روان‌شناسی و جامعه‌شناسی علمی به این گونه، داشته باشد. روان‌شناسی و جامعه‌شناسی ما افزون بر مسایل روانی و اجتماعی، به روح انسان‌ها نیز ناظر است. من بر منبر نیز همواره روان‌شناسی قرآن‌کریم را برای مردم بیان می‌کردم.
من می‌توانم عوالم شعبه‌های گوناگون علم و دانش را با علوم موهبتی که دارم با علم روز هماهنگ کرده و ارایه دهم. این کار به‌ویژه با طراحی بیمارستانی پیشرفته می‌تواند بعد از قرن‌ها، توجه جهانیان را به دانش پیچیدهٔ طب و علوم پزشکی جامع و معطوف به لایه‌های باطن و روان انسان‌ها جلب کند. گفتم حاضرم این کار را طی چند سال انجام بدهم و به پایان برسانم و شرط گذاشتم اگر موفق نشدم، مؤاخذه‌ام کنند. البته باید و دوست دارم آزادی عملم حفظ بشود و از طرف کسی تهدید و توبیخ نشوم.
ورود به قرآن‌کریم هم‌چون کار در آزمایش‌گاه است و به وسیله و ابزار نیاز دارد. همهٔ واژه‌های قرآن‌کریم دارای کد و شماره است و از آن می‌توان دانش‌های بسیاری به دست آورد.
آیت الله محمد رضا نکونام مفسّر بزرگ قرآن کریم با بیش از هشتصد اثر علمی نوظهور
