El 10 de febrero de 1928, como a las 6 de la tarde, lo sacaron del templo y lo llevaron al cuartel del Refugio. A las 11 de la noche llegó la hora suprema. Le desollaron los pies con un cuchillo, lo sacaron del mesón y lo hicieron caminar a golpes hasta el cementerio. Los soldados querían hacerlo apostatar a fuerza de crueldad, pero no lo lograron. Dios le dio fortaleza para caminar, gritando vivas a Cristo Rey y a Santa María de Guadalupe. Ya en el panteón, preguntó cuál era su sepultura, y con un rasgo admirable de heroísmo, se puso de pie al borde de la propia fosa, para evitar a los verdugos el trabajo de transportar su cuerpo. Acto seguido, los esbirros se abalanzaron sobre él y comenzaron a apuñalarlo. A cada puñalada gritaba de nuevo: "¡Viva Cristo Rey! ¡Viva la Virgen de Guadalupe!". En medio del tormento, el capitán jefe de la escolta le preguntó, no por compasión, sino por crueldad, qué les mandaba decir a sus padres, a lo que respondió José: "Que nos veremos en el cielo. ¡Viva Cristo Rey! ¡Viva la Virgen de Guadalupe!". Mientras salían de su boca estas exclamaciones, el capitán le disparó a la cabeza, y el muchacho cayó dentro de la tumba, bañado en sangre, y su alma volaba al cielo. Era el 10 de febrero de 1928. Sin ataúd y sin mortaja recibió directamente las paladas de tierra y su cuerpo quedó sepultado, hasta que años después, sus restos fueron inhumados en las catacumbas del templo expiatorio del Sagrado Corazón de Jesús. Actualmente reposan en el templo parroquial de Santiago Apóstol, en Sahuayo, Michoacán.
