Der Bahnhof Ebenhausen-Schäftlarn war ein Bahnhof an der Isartalbahn von München nach Bichl. Seit 1981 dient er als Station der S-Bahn München. Das Bahnhofsgebäude ist als Baudenkmal in der Bayerischen Denkmalliste eingetragen.
Ebenhausen-Schäftlarn ist der höchstgelegene Bahnhof der ehemaligen Isartalbahn. In seiner Nähe befindet sich der mit einer Höhe von 665 m über NN höchste Punkt der ganzen Strecke der Isartalbahn.
Der heutige S-Bahnhof hat zwei Bahnsteiggleise und einen Mittelbahnsteig von 140 Metern Länge mit einer Höhe von 76 cm, der von beiden Seiten aus zugänglich ist. Der S-Bahnhof wird von der S-Bahn-Linie S7 Wolfratshausen–Kreuzstraße bedient, die hier im 20-Minuten-Takt verkehrt.

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