Монастырь был основан иконопочитателями в VIII-IX веке и существовал до 1475 года, пока турецкая армия не вторглась в Крым и не захватила княжество Феодоро. Монастырь носил имя святого Феодора, оно сохранилось в названии скалы. Здесь насчитывается 22 пещеры разных размеров и назначения. Это кельи монахов, некоторые из них совсем маленькие с низкими потолками; складские пещеры, покои эконома, большой трапезный зал и, самое главное, пещерный храм.
В древности все пещеры монастыря соединялись деревянными лестницами и переходами, поэтому татары и дали ему название Челтер-Коба («челтер» означает «решетка», «коба» - «пещера»).
В настоящее время монастырь действующий.
