Östlich der Gnadenkapelle liegt die barocke Kapuzinerkirche St. Magdalena. Ihre Entstehung ist verbunden mit dem Wirken der Jesuiten (bis 1773) in Altötting. 1591 waren sie zur Wallfahrtsseelsorge nach Altötting berufen worden. 1593 begannen sie mit dem Bau eines Klosters und einer kleinen Kirche. 1697 bis 1700 wurde von dem Jesuiten- Laienbruder Thomas Troyer aus Mittersill/Salzburg die heutige Kirche, ein Wandpfeiler-Bau im Stil des "Jesuitenbarock" erbaut. Besonders beachtenswert sind der üppige Stuck, dessen unbekannte Meister vermutlich aus Oberitalien stammten, die prachtvollen spätbarocken Seitenaltäre (1712/13) mit Gemälden des Münchener Hofmalers Johann Caspar Sing, und der Hochaltar (1795) mit einem Gemälde der hl. Magdalena unter dem Kreuz vom Münchener Hofmaler Chistian Winck.
Vier Perner Glocken hängen im Kuppelturm von St. Magdalena. Gegossen wurden alle im Jahre 1967 und auch im selben Jahr geweiht. Zusammen mit den Glocken von der Stiftskirche bilden sie ein Salve Regina Geläut in den Tonarten A- Dur und E- Dur.
Magdalenenglocke: e
Marienglocke: gis
Josefsglocke: h
Bruder Konrad Glocke: cis
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