Roma Döneminde kilise iken Fatih Sultan Mehmet döneminde bir dönem Medrese olarak kullanılır. Sahn-ı Seman medreseleri açıldıktan sonra Molla Zeyrek Camii olarak kullanılır.
Zeyrek Camii ya da eski adıyla Pantokrator Manastır Kilisesi, MS 1118 ve 1136 yıllarında arasında inşa edilmiş, birbirinden farklı 3 yapının bir araya gelmesiyle oluşan bir ibadethanedir. Bir tür Hıristiyan külliyesi olarak da tanımlayabileceğimiz yapı, temelde 3 kilisenin birleştirilmesiyle ortaya çıkmıştır. Bünyesinde ayrıca; şapel, kütüphane, hastane, göz sağlığı merkezi ve yaşlılar evi de bulundurmaktaydı. 1453 yılındaki fetihten sonra ise Fatih Sultan Mehmet Han’ın vakfına tabi edilmiş ve camiye çevrilmiştir.
Talebelerin Fatih Külliyesi’ndeki medreseye taşınmasından sonra ise Zeyrek Medresesi, Zeyrek Cami olmuştur. Yapının içerisindeki 3 kilisede Müslümanların ibadetine açılmıştır. Bugün bildiğim kadarı ile yalnızca güneydeki camide namaz kılınabilmektedir. Medreseden ise maalesef hiç iz kalmamıştır.
Pantokrator Manastırı
Pantokrator Manastırı Çizimi
Sultan ayrıca, bu kilisenin azledilmiş din adamı olanı Georgios Kourtesis Scholarios’u, tekrar Ortodoks mezhebinin Patriği ilan etmiştir. Fetihten önce Müslümanlara karşı Katoliklerle ittifak yapılmasına karşı çıkan Scholarios, bundan sonra Gennadios adını kullanmıştır.
Mimari yapısında barok izler taşımasının nedeni ise 18.yüzyılda yapılan ciddi onarım çalışmalarıdır. Bunun dışında 1950 ve 1970 yılları arasında birkaç defa bakıma alınmıştır. Molla Zeyrek Cami, 1986 senesinde UNESCO tarafından Dünya Mirası listesine dahil edilmiştir.
