Auf den Bau aus der Karolingerzeit folgte im 15. Jahrhundert eine gotische Hallenkirche. Von ihr hat sich der Chor erhalten. 1712 bis 1729 wurde die Kirche unter Abt Roman II. Märkl nach Plänen von Jakob Ruesch barockisiert. Der lange gotische Chor wurde verkürzt, indem man den Hauptaltar in die Mitte des Raumes versetzte. Hinter der Altarwand fanden nun die Sakristei und der darüber liegende Mönchschor Platz. Das Kirchenschiff wurde verbreitert und zu einem vierjochigen Wandpfeilersaal umgebaut. Zwischen den beiden Zwiebeltürmen im Westen wurde ein halbrunder Vorbau mit Eingangshalle und darüber befindlicher Orgelempore errichtet. Den mit einer Halbkuppel schließenden Vorbau flankieren zwei ovale Kapellen. Das Westportal von 1724 trägt das Wappen des Klosters und des Abtes Roman II.

Das Innere wurde 1722 von Franz Josef Holzinger mit Stuck ausgestattet. Die Fresken von Wolfgang Andreas Heindl zeigen in der Vorhalle die Klostergründung, im Langhaus die Begegnung Totilas mit Benedikt von Nursia und im Chor Christus vor seiner Aussendung zum Heilswerk. Der Hochaltar von Jakob Schöpf aus dem Jahr 1713 trägt ein Gemälde von Cosmas Damian Asam, das den Erzengel Michael zeigt (um 1715). Von Asam stammt auch das Bild des Rosenkranz-Altares (um 1726–1730). Das Bild des Benedictus-Altares schuf der Münchner Hofmaler Christian Wink (1778), der im Auftrag des Klosters auch in den benachbarten Kirchen in Loh und Rettenbach tätig war. Die Bilder der übrigen Altäre stammen von dem Regensburger Maler Martin Speer (Kreuzigung, Steinigung des Stephanus, Marter des Sebastian, Schlüsselübergabe an Petrus). Die Kanzel stammt vermutlich von Franz Josef Holzinger (um 1725).

Die fünf Kirchenglocken wurden im Jahr 1948 von der Gießerei Rudolf Oberascher in München gegossen. Die große Michaelsglocke befindet sich im Nordturm, die vier kleineren im Südturm. Weil die große Glocke einen halben Ton zu hoch aus dem Guss kam, ergibt sich die ungewöhnliche Tonfolge h°-cis'-dis'-eis'-gis'.

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