Se cree que ya existía una pequeña capilla levantada sobre un templo inca que funcionaba como reducción de indios a fines del siglo XVI. El templo, tal y como lo conocemos, comenzó a construirse a partir de 1610 por iniciativa del párroco Juan Pérez de Bocanegra.
En su interior se conservan dos órganos bellamente pintados que son considerados los más antiguos de América Latina.
La majestuosidad artística se refleja también en el artesonado de influencia mudéjar, la gran variedad y riqueza de los lienzos —como la serie dedicada a San Pedro Apóstol, patrono del poblado—, la policromía de los techos y el arco triunfal que separa el presbiterio de la nave principal.
El baptisterio conserva en su portada de ingreso la fórmula bautismal en latín, castellano, quechua, aimara y puquina.
Los cuadros que adornan las paredes están enmarcados con enormes molduras de madera de cedro y pan de oro.
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