Γεννήθηκε το 1863 στο χωριό Ρούλια της Φλώρινας. Ο Κώττας πέρασε τα παιδικά του χρόνια στη Ρούλια και χαρακτηρίζονταν από τότε ως τολμηρός, επαναστατικός και ριψοκίνδυνος. Δεν αγαπούσε ιδιαίτερα τα γράμματα, αλλά αναγκάστηκε για λόγους βιοποριστικούς να μάθει με μεγάλη επιμονή, ανάγνωση και γραφή. Μετά το θάνατο του πατέρα του Χρήστου, κρατούσε μόνος του τα βιβλία του οικογενειακού παντοπωλείου. Αργότερα άσκησε το επάγγελμα του αγωγιάτη και εξ αιτίας αυτού ταξίδευε για αρκετά χρόνια στη Θράκη, την Κωνσταντινούπολη φθάνοντας ως τη Σερβία.
Ανυπότακτο πνεύμα, έτρεφε μεγάλο μίσος για τους τούρκους κατακτητές, γι’ αυτό εντάχθηκε στη βουλγαρική «Εσωτερική Μακεδονική Επαναστατική Οργάνωση» (VMRO), που διακήρυσσε τον αλυτρωτισμό της με το σύνθημα «Η Μακεδονία στους Μακεδόνες». Η ζωή του πήρε δραματική τροπή το 1898, όταν σκότωσε τον τούρκο μεγαλοτσιφλικά Κασίμ Μπέη, που καταδυνάστευε την περιοχή της Φλώρινας. Πήρε τα όρη και τα βουνά και κατέφυγε στο Βίτσι, όπου σχημάτισε τη δική του ένοπλη ομάδα.
Ο Καπετάν Κώττας γρήγορα αποστασιοποιήθηκε από τη VMRO, καθώς ήλθε σε ρήξη με τα τοπικά στελέχη της Τσακαλάρωφ και Κλιάσεφ. Τον θεωρούσαν πολύ υπερήφανο και ανεξάρτητο και πολλάκις προσπάθησαν να τον εξοντώσουν ως προδότη. Από τη διένεξη αυτή επωφελήθηκε ο μητροπολίτης Καστοριάς Γερμανός (Καραβαγγέλης), ο οποίος τον προσηλύτισε στην ελληνική ιδέα στις αρχές του 1902. Ο Γερμανός ανέλαβε να συντηρεί την ομάδα του Κώττα και αυτός να υπερασπίζεται τα χωριά της περιοχής από τους Βούλγαρους κομιτατζήδες και τους τούρκους. Παρά τη συμφωνία αυτή, ο Κώτας δεν έγινε ποτέ τυφλό όργανο του μητροπολίτη και πάντα διατηρούσε την ανεξαρτησία του, εκφράζοντας τον ελληνικότητά του με τον δικό του τρόπο. Συνέχισε την δράση του μέχρι και το 1904 ανακουφίζοντας τον Ελληνικό πληθυσμό.
Στη συνέχεια αποδύθηκε σε σκληρό αγώνα κατά του Βουλγαρικού κομιτάτου και ιδιαίτερα κατά κομιτατζήδων που επιδίδονταν σε αγριότητες σε βάρος Ελλήνων αλλά και άλλων χριστιανών. Ήδη από το 1901 αποτελούσε τον κυριότερο εχθρό των Βουλγάρων στη Βορειοδυτική Μακεδονία. Η ηγετική του παρουσία στην περιοχή και η μεγάλη επιρροή που ασκούσε σε μεγάλους πληθυσμούς, τον κατέστησαν το βασικό εκφραστή της ελληνικής ιδέας στην περιοχή και διατήρησε άσβεστη την ελπίδα των Ελλήνων κατοίκων ανυψώνοντας το ηθικό τους σε περιόδους που η βουλγαρική τρομοκρατία ήταν ολοκληρωτική.
Στις αρχές του 1904 ο Καπετάν Κώτας ήλθε στην Αθήνα και γνωρίστηκε με τον Παύλο Μελά, τον οποίο συνόδευσε στην πρώτη αποστολή στη Μακεδονία. Στις 9 Ιουνίου 1904, κατόπιν προδοσίας των παλιών του συντρόφων στο VMRO, συνελήφθη από τους Τούρκους. Μετά τη σύλληψή του ο Κώττας Χρήστου, μεταφέρθηκε αρχικά στις φυλακές Καστοριάς, στη συνέχεια στις φυλακές Κορυτσάς και τελικά στις φυλακές Μοναστηρίου. Η σύζυγός του, Ζωή, για λόγους ασφαλείας εγκαταστάθηκε με τα παιδιά της στην Καστοριά και επανήλθε στη Ρούλια το φθινόπωρο του 1904. Τον Αύγουστο του 1905 ο Μήτρο Βλάχο εισέβαλε με το πολυπληθές σώμα του στη Ρούλια, πότισε με πετρέλαιο την οικία του Κώττα και έβαλε φωτιά. Με τη συμπαράσταση των κατοίκων του χωριού, η Ζωή με τα τέκνα της κατάφεραν να σωθούν.
Κατά την κράτησή του στην φυλακή, ο Έλληνας πρόξενος του Μοναστηρίου Σταμάτιος Κιουζές Πεζάς και ο Μητροπολίτης Καστοριάς Γερμανός Καραβαγγέλης, προσπάθησαν να τον αποφυλακίσουν αλλά οι οθωμανικές αρχές ήταν ανένδοτες, καθώς εκκρεμούσαν σε βάρος του πολλές καταδίκες. Ο Μητροπολίτης Καστοριάς Γερμανός Καραβαγγέλης πέτυχε συμφωνία με τους Οθωμανούς, ώστε να αποφυλακιστεί ο Κώττας με αντάλλαγμα την υπηρεσία του στον οθωμανικό στρατό, κάτι που ο ίδιος φυσικά αρνήθηκε.
Ο απαγχονισμός του αποφασίστηκε για το πρωινό της 27ης Σεπτεμβρίου του 1905. Απαίτησε να του φέρουν Έλληνα ορθόδοξο ιερέα που τον μετάλαβε και στη συνέχεια οδηγήθηκε στην πλατεία Ατ Παζάρ της πόλης του Μοναστηρίου. Κατά τη διαδρομή έως την πλατεία ο Κώττας Χρήστου, σε μια απέλπιδα προσπάθεια, ξέφυγε από τους φρουρούς του και διέφυγε στα στενά σοκάκια της πόλης. Ακολούθησε τεράστια κινητοποίηση των Οθωμανικών δυνάμεων και ανθρωποκυνηγητό στους δρόμους της πόλης και τελικά συνελήφθη. Οδηγήθηκε τελικά στην πλατεία Ατ Παζάρ και εκεί ο Κώττας απαίτησε να του λύσουν τα χέρια. Ανέβηκε μόνος του στο ικρίωμα και αποφασισμένος, αφού φώναξε για τελευταία φορά:
Ντα ζίβι Γκ(ά)ρτσια! (Ζήτω η Ελλάς),
κλώτσησε μόνος του το υποπόδιο.
Η θυσία του συγκίνησε τους Μακεδόνες και αποτέλεσε την έναρξη της ελληνικής αντεπίθεσης στη Μακεδονία. Για τη συνολική του δράση και το τέλος του, υμνήθηκε από τη λαϊκή μούσα. Έχει διασωθεί ένα δημοτικό τραγούδι στα αλβανικά και δύο στα ελληνικά.
Μετά την απελευθέρωση της Μακεδονίας, το χωριό του Ρούλια ονομάσθηκε στη μνήμη του Κώττας. Το 1960 στήθηκε επιβλητικός ανδριάντας του στην είσοδο της Φλώρινας, έργο του γλύπτη Δημήτριου Καλαμάρα.
