El asentamiento de viviendas y el crecimiento de la mancha urbana en el predio conocido como El Roble amenazan a esta área natural colindante al santuario de bosque de niebla, lo que preocupa a la comunidad científica del Instituto de Ecología (Inecol).
Otras amenazas en este sitio son la tala de diferentes tipos de encino, la proliferación de gatos que ponen en peligro la fauna, así como la contaminación de los arroyos que cruzan el santuario. A un costado el jardín botánico existe otro problema que se traduce en descargas de aguas negras al río Sordo.
