El Consejo de Judicatura Federal cuenta con seis órganos auxiliares:
-Escuela Federal de Formación Judicial (EFFJ)
-Instituto Federal de Defensoría Pública (IFDP)
-Instituto Federal de Especialistas de Concursos Mercantiles (IFECOM)
-Visitaduría Judicial
-Contraloría
-Unidad General de Investigación de Responsabilidades Administrativas (UGIRA)
