Die anatomische Sammlung geht bis auf die Gründung des Anatomischen Lehrstuhls im Jahr 1689 zurück und zeigt im öffentlichen Museum und in Gangvitrinen etwa 1800 Exponate. Das Museum wurde 2014 neu aufgestellt und gliedert sich in mehrere Abschnitte: es werden Skelette, Schädel, Feucht- und Trockenpräparate zur Entwicklungsgeschichte gezeigt sowie eine Vielzahl von anatomischen Varietäten. Darüber hinaus beinhaltet die Sammlung nahezu die gesamte Palette der anatomischen Konservierungskunst und ist in ihrer Art und Darlegung einzigartig. Kurator Romed Hörmann führt im Video durch das Museum.
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