Заповедник разбит на 4 участка и из заповедника исключён целый ряд территорий:
уникальный можжевелово-фисташковый лес в районе второй и третьей лагун — самая экологически ценная, по мнению экспертов, территория, но это место, где планируется построить так называемый «физкультурно-оздоровительный комплекс»;
коридоры (шириной 150 м) подъездных к этому объекту дорог, в том числе «противопожарная лесохозяйственная дорога»;
прибрежная полоса к востоку от посёлка Малый Утриш.
На Утрише расположен единственный хорошо сохранившийся в Северном Причерноморье участок типичных восточно-средиземноморских ландшафтов. Здесь наиболее ярко выражено уникальное средиземноморское ядро третичной реликтовой флоры, представленное в том числе и такими эндемиками, как можжевельники высокий и вонючий, фисташка и пицундская сосна, скумпия. Наиболее древняя растительная ассоциация — фисташково-можжевёловые редколесья, где 62,4 % видов растений относится к средиземноморской флоре, а в дубово-грабовых лесах такие виды составляют 40,9 %. Всего насчитывается 75 видов травянистых растений, 107 видов деревьев и кустарников. Около 60 видов занесены в Красную книгу. В лесах Большого Утриша найдены деревья в возрасте до 1000 лет.
Из беспозвоночных и пресмыкающихся стоит упомянуть открытую здесь эмпузу полосатую, ранее известную только по находкам из Крыма, дыбку степную, средиземноморскую черепаху, для которой это единственное место обитания в России, и эскулапова полоза (Красная книга РФ и МСОП). Из птиц здесь гнездятся змееяд, орлан-белохвост, чёрный гриф, стервятник и сапсан, а также огромное многообразие видов в период весенних и осенних пролётов по морскому побережью. Следует выделить такой редкий вид, как лебедь-шипун, зимующий в прибрежных озёрах лиманного типа. На зимовке и пролёте у этих берегов можно наблюдать гагары, поганок и ещё 80 видов водоплавающих и околоводных птиц.
Здесь обитают редкие виды средиземноморских бабочек.
Акватория, включённая в территорию заказника, характеризуется высоким видовым разнообразием различных типов гидробионтов — водорослей-макрофитов, фито- и зоопланктона. На этом участке обнаружено 227 видов водорослей.
В этих местах проходят миграционные пути и частично нагул ставриды, скумбрии и хамсы, а вслед за ними — пути миграций афалин.
В наше время, когда человек, вооруженный все более и более совершенной техникой, быстро осваивает самые, казалось, недоступные районы земного шара, особенно возрастает значение заповедников. Не случайно, чем больше население страны, интенсивнее промышленное производство и сельское хозяйство, тем больше относительная площадь заповедных территорий. Но следует помнить, что заповедники далеко не единственная форма охраны природы. Охрана природы в современном понимании — это прежде всего разумное использование природных богатств. Разумно использовать — значит давать возможность природе восстанавливать, восполнять взятое человеком. Лес обладает замечательной способностью расти, рыбы, птицы, звери — размножаться. Необходимо строго охранять эти воспроизводительные возможности природы.
Охрана заказника «Большой Утриш» находится в плачевном состоянии. Дирекция заказника была расформирована в 1996 году. В настоящее время распорядителем земель заказника является Департамент лесного хозяйства Краснодарского края. Часть земель заказника сдана в аренду частным фирмам (ООО «Саквояж», ООО «Стройбетон» и др.), что является предпосылкой его масштабного хозяйственного освоения. Наиболее крупный земельный участок (120 га) был сдан в аренду в июле 2008 году Фонду региональных некоммерческих проектов «ДАР». Этот участок охватывает земли в районе 2-й, 3-й и 4-й лагуны в центральной части заказника. В последние годы антропогенный пресс на территорию заказника значительно усилился в результате массовой рекреации и различной хозяйственной деятельности, которая, как правило, осуществлялась с нарушениями законности. Среди известных фактов: хозяйственное освоение Змеиного озера, вырубка деревьев на территории базы отдыха «Морской залив» в 2005 году (инициатор — ООО «Дружба»), вырубка реликтовых деревьев и прокладка участка дороги в районе Змеиного озера в 2007 г. (инициатор — ООО «Росинвест»).
