소득금액변동통지와 관련하여 실무상 쟁점은 크게 네 가지다.
첫째 부과제척기간 내에 했는지 여부와
둘째 가산세 기산일이 언제인지
셋째 항고소송의 대상이 되는 처분인지 여부다.
넷째 종합소득세 성립일이 언제인지 여부다.
그동안 판례도 일관되지 못하다가 이제는 정리되었다.
사기 그밖의 부정한 행위로 인한 법인세 포탈의 경우 법인세 부과제척기간은 10년으로 연장되어도 인정상여처분을 위한 소득금액변동통지는 5년 내에 해야한다고 대법원이 판단하였다. 그러자 국세청은 세법을 10년으로 연장하는 것으로 개정해버렸다.
둘째, 종합소득세 신고납부기한은 다음해 5. 31.일이므로 가산세 기산일은 6.1.부터 부과되는 것 아니냐고 다툼이 있었지만 소득금액변동통지에 의한 근로소득 지급의제는 신고납부일이 통지일이 속한 달의 다음다음달 말일까지이므로 그 익일부터 납부불성실가산세를 기산한다.
셋째, 소득금액변동통지도 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당한다.
넷째, 과세관청이 사외 유출된 익금가산액이 대표자에게 귀속된 것으로 보고 상여로 소득처분을 한 경우 당해 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법인에 대해서는 소득금액변동통지서가 당해 법인에게 송달된 날에 그 원천징수의무가 성립하는 것과는 달리, 그 소득의 귀속자에 대해서는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지 여부와 상관없이 소득처분이 있게 되면 소득세법 제20조 제1항 제1호 다목 소정의 ’법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액’에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 되고, 구 소득세법 제39조 제1항 및 구 소득세법 시행령 제49조 제1항 제3호에 따라 당해 소득금액은 부과처분의 대상이 되는 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로, 소득의 귀속자의 종합소득세 납세의무는 국세기본법 제21조 제1항 제1호가 정하는 바에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다(대법원 2006. 7. 13. 선고 2004두4604 판결 참조).
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