El tiburón ballena posee una dieta omnívora que se compone principalmente de organismos del plancton, siendo oportunistas, alimentándose de florecimientos de zooplancton como copépodos, eufásidos, peces pequeños, huevos y larvas de peces. También se le ha visto alimentarse de macro algas, crustáceos, moluscos y microalgas.
Estos microorganismos son captados a través de la boca del tiburón mediante mecanismos de filtración pasiva o activa.

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