Mafia 3 neemt je mee naar New Bordeaux, een fictieve stad gebaseerd op het Amerikaanse New Orleans. Als Lincoln Clay is het jouw taak om wraak te nemen op de Italiaanse maffiafamilie die jouw familie verraden heeft en is het aan jou om de zwarte maffiafamilie weer van de grond af op te bouwen. Dankzij zijn geschiedenis als maffioso en Vietnam-veteraan beschikt Clay over genoeg kennis en ervaring om dit op brute wijze te doen.
