O Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP possui oito institutos (Instituto Central, Instituto de Psiquiatria, Instituto do Coração, Instituto de Radiologia, Instituto de Radiologia, Instituto do Câncer, Instituto da Criança e do Adolescente, Instituto de Ortopedia e Traumatologia, Instituto de Medicina Física e Reabilitação) e dois hospitais auxiliares (Hospital Auxiliar Suzano e Hospital Auxiliar Cotoxó).

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