Visioconférence du 9 juin 2017 François-Xavier Weill - L'apport de la génomique pour mieux comprendre les voies d'introduction et de circulation du choléra en Afrique au cours de la 7eme pandémie

La 7ème pandémie de choléra a débuté en 1961 en Indonésie. Son agent pathogène Vibrio cholerae O1 du biotype El Tor différait du vibrion cholérique (biotype Classique) responsable des six pandémies précédentes décrites depuis le début du 19ème siècle.

A l’heure actuelle, la 7ème pandémie de choléra est toujours active avec une estimation annuelle de 1,4 à 4 millions de cas et 21000 à 143000 décès. L’Afrique a été touchée en 1970, et depuis lors le choléra s’y est installé de façon durable et intense. Il y représente la majorité des cas et des décès sur le plan mondial depuis les deux dernières décennies. Malgré cela, il n’existait pas de réelle connaissance sur les modes de propagation du choléra à l’échelle du continent. Cela était du principalement au fait que les outils d’épidémiologie moléculaires utilisés précédemment n’étaient que peu discriminants ; V. cholerae O1 El Tor étant une bactérie génétiquement très homogène. Lors de ce travail, nous avons utilisé la technique la plus discriminante, le séquençage de génomes entiers, sur une collection représentative d’isolats bactériens collectés dans 45 pays africains de 1970 et 2014 avant de faire une analyse de génomique comparative sur 1070 génomes de façon à reconstituer les voies d’introduction et de circulation du choléra en Afrique au cours de la 7ème pandémie.

Nous avons découvert que le choléra n’a pas été introduit une seule fois avant de s’implanter définitivement en Afrique mais y a été introduit, à partir de l’Asie, au moins 11 fois, régulièrement au cours du temps, avec deux foyers d’introduction, un en Afrique de l’Ouest et l’autre en Afrique de l’Est (Corne de l’Afrique ou Afrique du Sud est). A partir de ces foyers, le choléra suit des voies préférentielles de propagation (vers le Bassin du lac Tchad pour le foyer ouest-africain et vers la région des Grands Lacs pour les foyers est-africains). Cette meilleure compréhension de l’épidémiologie du choléra a des conséquences importantes pour la mise en œuvre des moyens de lutte et de contrôle de ce fléau.

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