Kudowa jest położona w dolinie na pograniczu Gór Stołowych i Pogórza Orlickiego na wysokości od 370 do 420 m n.p.m. nad potokiem Bystra, który poprzez rzekę Metuję (cz. Metuje) wpada do Łaby (zlewisko Morza Północnego). Położenie Kudowy na południowych stokach powoduje, że ma ona klimat łagodniejszy od miejscowości położonych w Kotlinie Kłodzkiej, od której jest oddzielona Przełęczą Polskie Wrota. Do 21 grudnia 2007 r. posiadało cztery przejścia graniczne na granicy z Czechami, wszystkie zlikwidowane na mocy Układu z Schengen.
Historycznie miasto należało do hrabstwa kłodzkiego. W latach 1976–1991 miejscowość była siedzibą gminy wiejskiej Kudowa-Zdrój. W latach 1975–1998 miasto administracyjnie należało do województwa wałbrzyskiego
Według danych z 2018 r., Kudowa-Zdrój ma obszar 33,9 km², w tym:
użytki rolne: 40%
użytki leśne: 15%
Miasto stanowi 2,07% powierzchni powiatu.
Sąsiednie gminy: Lewin Kłodzki, Radków, gmina Szczytna. Gmina sąsiaduje z Czechami.
