L'archivio conserva, oltre al fondo diplomatico costituito da 3.000 pergamene dal 720 al 1700, visite pastorali ( 1462-1963 ), carteggio (secc. XVIII-XX), atti notarili (1612-1630), inventari (1375-1829), cause di beatificazione (1712), cause civili e criminali (1304-1885), atti beneficiali (1368-1911), matrimoniali (1560-sec. XX), documentazione relativa a SS. Messe (1712-1902), clero e ordini religiosi (1560-1745), e altro materiale miscellaneo.
Vi si trovano inoltre la documentazione relativa alla Mensa, all' Università di Pisa di cui l'arcivescovo era cancelliere (1463-1859), quella del Capitolo, quella del Convento e Seminario di S. Caterina, la cui amministrazione fu unita nel 1908 a quella della Mensa (1274-1814) e quella dell' Università dei cappellani, depositata nel 1965-1970, comprendente anche i Campioni dei beni dei monasteri di S. Stefano Fuori le Mura e di S. Croce in Fossabanda e i registri amministrativi della basilica di S. Pietro a Grado . E' attualmente in corso un'operazione di deposito dei complessi archivistici prodotti dalle parrocchie della diocesi, allo scopo di garantiene una migliore conservazione e fruizione. Questa fase è stata preceduta dal censimento di tutti gli archivi parrocchiali, i cui risultato sono raccolti nella pubblicazione "Il censimento degli archivi parrocchiali dell'arcidiocesi di Pisa", a cura di Hyperborea s.c., Pisa, 2008. Al momento sono presenti nell'archivio arcidiocesano 33 fondi parrocchiali, dotati di inventario analitico e cartellinatura, fra cui quello di S. Ranieri, parrocchia del Duomo, dove si trova la registrazione dei battesimi di tutti i nati nella città di Pisa dall'anno 1458 all'anno 1911, epoca in cui vennero concessi i fonti battesimali ad ogni parrocchia diocesana. L'archivio diocesano è quindi ormai divenuto un "archivio di concentrazione", di consistenza complessiva di circa 8300 pergamene e oltre 12000 unità archivistiche su supporto cartaceo.

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