Budynek kościoła jest orientowany (prezbiterium skierowane jest w kierunku wschodnim, co było charakterystyczne dla wszystkich kościołów średniowiecznych). Wschodnia, zamykająca prezbiterium, ściana jest prostokątna, co jest charakterystyczne dla grupy kościołów podhalańskich, do których zalicza się (oprócz Dębna) następujące świątynie: Narodzenia NMP w Harklowej, św. Trójcy w Łopusznej, św. Anny w Nowym Targu (Archidiecezja Krakowska) i św. Marcina w Grywałdzie (Diecezja Tarnowska).
Budynek kościoła wzniesiono, w głównych częściach, z drewna iglastego: modrzewiowego i jodłowego, bez użycia gwoździ, a belki, ułożone na zrąb, umacniane były drewnianymi kołkami.
Prezbiterium i nawę otaczają soboty, czyli kryte podcienia (XVIII/XIX w.).
Do wnętrza kościoła prowadzą dwa wejścia:
- pod wieżą (od strony zachodniej - wejście główne),
- od strony południowej (przez kruchtę, czyli przedsionek);
w jej zwieńczeniu umieszczona jest figurka Chrystusa u słupa,
dzieło miejscowego Nikifora - Józefa Janosa (1895-1985).
Po wejściu do wnętrza świątyni, oczy patrzącego dłuższy czas muszą przyzwyczajać się do panującego tutaj półmroku. Odbiór wrażeń estetycznych odwiedzającym uzupełnia niezwykły zapach starego drewna. Mimo owego półmroku, z łatwością dostrzec można niespotykaną różnobarwność i wzorzystość najstarszej, w całości zachowanej, europejskiej polichromii na drewnie (około 1500). Pokrywa ona niemal całe wnętrze świątyni. Doliczono się 77 motywów występujących w 12 ukladach i 33 wariantach kolorystycznych!!!
Atrakcyjne są przedstawienia zbrojnych postaci na koniach, ścigających jelenia oraz św. Jerzy (w rycerskim stroju) zabijający smoka
Na przedłużeniu nawy niewielkie, niemal kwadratowe (5 x 5,9 m) prezbiterium, w całości polichromowane (ściany, strop, ambona, nakrywa chrzcielnicy, ławy). Szczególnie wzrok przyciąga złocone tło wspaniałego ołtarza głównego , w którym pięknie gra światło wpadające z okna. Jest to tryptyk (1. ćwierć XVI w.), jeden z najcenniejszych zabytków gotyckiego malarstwa tablicowego. Obraz główny, przedstawiający Matkę Bożą z Dzieciątkiem Jezus w otoczeniu św. Michała Archanioła i św. Katarzyny Aleksandryjskiej, jest powszechną w średniowieczu kompozycją zwaną Świętą Rozmową (Sacra Conversazione). Jednak bardziej realistyczny sposób przedstawienia postaci i bardziej miękki rysunek, zapowiadają już nowy styl - renesans.
W zwieńczeniu ołtarza obraz Ukrzyżowania, a na awersach skrzydeł postaci świętych. W okresie Wielkiego Postu skrzydła tryptyku są zamykane i wówczas widoczne są sceny pasyjne na rewersach (Chrystus w Ogrojcu, Ecce Homo, Biczowanie i Upadek pod krzyżem), namalowane już w stylu renesansowym.
W predelli (podstawa ołtarza) umieszczono wizerunki świętych biskupów, patronów Polski: Wojciecha i Stanisława.
W prezbiterium większość wyposażenia stanowią elementy gotyckie. Są to:
- ambona,
- nakrywa chrzcielnicy,
- ława kolatorska,
- cymbałki (jedyny tego typu zabytek w Polsce, a jeden z pięciu na świecie
Ściana tęczowa (między nawą a prezbiterium) praktycznie nie istnieje. Występują jedynie dwie belki tęczowe, od strony nawy osłonięte ozdobnie wyciętymi deskami, sharmonizowanymi dekoracyjnie z wnętrzem.
Postać Chrystusa w tęczy rozpięta jest na niezwykłym, rozwidlającym się krzyżu, symbolizującym "Drzewo Życia" (pień ze ściętymi konarami). Krucyfiks ten jest najstarszym elementem wyposażenia, pochodzącym prawdopodobnie jeszcze z poprzedniego kościoła (około 1380).
W nawie, po obu stronach tęczy, usytuowane są dwa ołtarze boczne, których retabula (nastawy ołtarzowe) pochodzą z połowy XVII wieku.
Ołtarz z lewej strony zawiera figury z 1. ćwierci XV wieku, z tzw. Ołtarza Czterech Dziewic: Matkę Bożą w otoczeniu świętych męczennic - św. Cecylii, św. Katarzyny Aleksandryjskiej, św. Doroty i św. Barbary.
W ołtarzu z prawej strony umieszczono obraz św. Grzegorza.
Do najstarszego, gotyckiego wyposażenia nawy należą:
- najstarszy polski obraz sztalugowy (aktualnie w kościele znajduje się kopia), datowany na około 1280 rok, z postaciami św. Katarzyny i św. Agnieszki;
- figura św. Mikołaja (około 1420-1430);
- dawne tabernakulum, pokryte delikatną polichromią;
