El 31 de agosto de 2004 fue transferido al Villarreal procedente de Manchester United,11 donde ganó el Trofeo Pichichi de la liga española y la Bota de Oro europea (que compartió con el jugador francés del Arsenal, Thierry Henry) al anotar 25 goles durante la temporada 2004-05,12 contribuyendo decisivamente a que el Villarreal finalizara la Liga en tercer puesto.13 En el mismo año que ganaron la Copa Intertoto de la UEFA, Diego Forlán se consagró además como el máximo goleador de la historia del Villarreal con 59 goles.
NOTA:Faltó un gol que consiguió en copa en la temporada 06/07, Castellón 0 - Villarreal 2.
