Öst­lich der Gna­den­ka­pel­le liegt die 2001 – 2004 reno­vier­te baro­cke Kapu­zi­ner­kir­che St. Mag­da­le­na. Ihre Ent­ste­hung ist ver­bun­den mit dem Wir­ken der Jesui­ten (bis 1773) in Alt­öt­ting. 1591 waren sie zur Wall­fahrts­seel­sor­ge nach Alt­öt­ting beru­fen wor­den. 1593 began­nen sie mit dem Bau eines Klos­ters und einer klei­nen Kir­che. 1697 bis 1700 wur­de von dem Jesui­ten-Lai­en­bru­der Tho­mas Troy­er aus Mittersill/​Salzburg die heu­ti­ge Kir­che erbaut. Ein Wand­pfei­ler-Bau im Stil des ​„Jesui­ten­ba­rock“, ein statt­li­ches Bau­werk: Län­ge 27,5 m, Brei­te 17 m, Höhe 17,5 m. Das Inne­re ist licht­durch­flu­tet und von fest­li­cher Stim­mung. Die Fas­sa­de ist schön geglie­dert. In der Mit­te und in den Sei­ten­fel­dern des Gie­bels sind in drei Nischen Maria, die Schutz­frau Bay­erns, der Jesu­it Petrus Cani­si­us und der Kapu­zi­ner Lau­ren­ti­us von Brin­di­si zu sehen.
Beson­ders beach­tens­wert sind der üppi­ge Stuck, des­sen unbe­kann­te Meis­ter ver­mut­lich aus Ober­ita­li­en stamm­ten, die pracht­vol­len spät­ba­ro­cken Sei­ten­al­tä­re (1712÷13) mit Gemäl­den des Münch­ner Hof­ma­lers Johann Cas­par Sing, und der Hoch­al­tar (1795) mit einem Gemäl­de der hl. Mag­da­le­na unter dem Kreuz vom Mün­che­ner Hof­ma­ler Chris­ti­an Winck.
Klos­ter und Kir­che haben eine wech­sel­vol­le Geschich­te:

Am 21. Juli 1773 wur­de der Jesui­ten­or­den auf­ge­löst, am 6. Okto­ber 1773 muss­te das Klos­ter geräumt sein. 1774 wur­de in den ver­las­se­nen Räu­men ein Pries­ter­haus ein­ge­rich­tet. 1781 grün­de­te Kur­fürst Karl Theo­dor ein baye­ri­sches Groß­prio­rat des Mal­te­ser­or­dens. Kir­che und Klos­ter wur­de dem geist­li­chen Rit­ter­or­den über­las­sen. 1791 bis 1795 führ­ten die Mal­te­ser eine gro­ße Restau­ra­ti­on der Kir­che durch. Im Gie­bel des Hoch­al­ta­res erin­nert das Mal­te­ser­kreuz an die­se Zeit. 1808 ver­schwand mit der Auf­lö­sung des Ordens als geist­li­cher Rit­ter­or­den die geist­li­che Kom­men­de in Alt­öt­ting. Welt­pries­ter führ­ten allein das Haus wei­ter, bis 1841 die Gebäu­de samt Kir­che den Redemp­to­ris­ten über­ge­ben wur­den. Wäh­rend des Kul­tur­kamp­fes wur­den die Redemp­to­ris­ten 1873 aus Deutsch­land aus­ge­wie­sen. In das wie­der­um ver­wais­te Klos­ter zogen am 4. Okto­ber 1874 die Kapu­zi­ner ein. Nach der Reno­vie­rung von Klos­ter und Kir­che (2001 – 2004) leben die Alt­öt­tin­ger Kapu­zi­ner in St. Mag­da­le­na. Ihre Auf­ga­be ist die seel­sorg­li­che Beglei­tung der Wallfahrer.
Die Mag­da­le­nen­kir­che ist die Beicht­kir­che in Alt­öt­ting. Bei der Reno­vie­rung der Kir­che wur­den nicht nur die vor­han­de­nen Beicht­stüh­le ver­bes­sert, son­dern fünf Beicht­zim­mer ange­baut. Seel­sorgs­ge­spräch und Beich­te wer­den dort ange­bo­ten. Im Klos­ter­be­reich liegt das Jugend­über­nach­tungs­haus, ​„ein Dach für die Jugend“. Es bie­tet preis­wer­te Über­nach­tungs­mög­lich­kei­ten auf Selbstversorgerbasis.

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