Эту церковь Пётр I задумал как храм-памятник русскому флоту, в знак благодарности за две морские победы при Гангуте 27 июля/7 августа 1714 года и при Гренгаме 27 июля/7 августа 1720. Обе победы были одержаны в канун дня Святого Пантелеймона, потому церковь так и назвали, Пантелеймоновской.